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贝瑞和康牵手阿里云 云计算成基因检测“宠儿”

[日期:2015-08-20] 来源:和讯科技  作者:马建忠 [字体: ]

  云计算正在成为生物医学界的“宠儿”。近日,北京贝瑞和康生物技术有限公司(下称“贝瑞和康”)与阿里云共同向外界宣布双方达成合作,共同打造以海量的中国人群基因组数据为核心的数据云,实现对个人基因组数据的精准解读。

云计算

  两巨头合力欲建国人基因组大数据

  “打造基因组大数据,相当于建立了一个中国人基因版的《本草纲目》,将记载中国人群最核心的基因信息、生命信息,为中国人群重大疾病的预测、预防、诊断和治疗奠定基础。它的意义将不亚于《本草纲目》这部东方医药巨典。”贝瑞和康首席生物信息官于福利博士说。

  中国是世界出生缺陷率最高发地区之一。每年1600万至2000万的出生人口中,有80万至120万出生缺陷儿。1996年到2010年,中国新生儿出生缺陷发生率增幅达70.9%。这一不利的局面将随着“神州基因组数据云”项目的实现得到改观。据了解,贝瑞和康自主构建的中国人群基因组大数据库目前已包含超过四十万份基因组数据。通过对该数据资源的深入挖掘,能够进一步揭示中国人群遗传突变分布,这将极大助益于提升中国人遗传疾病诊断的效率和精准程度。

  贝瑞和康C EO周代星告诉南都记者,一个人有300多万个位点突变,这些突变哪些是有意义的,哪些是没有意义的,中国截至目前还没有这样详细的图谱。而贝瑞和康与阿里云合作,就是希望建立中国人易感位点的数据库。而一旦这一数据库建成,这对于7000多种临床疾病的解读将有积极意义。

  牵手背后是基因云计算热

  据南都记者了解,新一代基因测序技术要得到比较准确的信息,一般认为30X的基因测序深度是必须的,所以一个人的基因组检测大约需要产生90Gb的数据。如此大的数据,在一般的电脑或小型服务器上运行起来非常困难。

  而要对40万个样本进行计算,这对计算能力要有非常高的要求,而阿里云正好能提供这样的计算和分析能力。

  阿里云高级专家林河山在接受南都记者采访时表示:双方合作第一阶段主要是提供存储、计算资源、方便使用;第二个阶段,在协商一致的情况下,可能会探讨利用大数据展开合作,让数据工具与医疗相结合。林河山称,阿里大数据方面已经通过天猫医药馆和阿里健康有了较好的积累,将有助于双方第二阶段合作。

  “云计算介入基因检测有着巨大的潜力,以美国为例,就已经有比较成功的先例。比如谷歌旗下的DNANEXUS以及七桥基因公司等在云上提供生物信息服务的公司。”林河山如是说。

  至于项目商业化路径,贝瑞和康C EO周代星坦言,目前主要是针对医疗机构。据他透露,国内有20多家医院已经被批准可以做遗传基因的检测,而检测需要更好的解读,这就是“神州基因组数据云项目”较为显而易见的价值所在。

  业内人士指出,随着下一代基因测序、生物质谱和医学成像等医学技术的迅猛发展,大数据浪潮将根本性的改变生物医学基础研究和医疗实践。

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